德国有380多所高校（BMBF地图），由于大学研究课题及方法的多样性，它们一直处于德国科研的核心位置。104所大学拥有广泛的研究领域，其中的一个重点是基础理论研究，同时也开展应用研究及试验发展。

大学内外的科研活动联系密切。例如，对青年学者来说，高校是重要的合作伙伴和教育中心；对科研机构以及致力于科研的企业来说，高校则是理想的跨学科研究平台。

德国高校将教学与科研紧密结合在一起，这也是德国高校吸引外国学生和科研人员的一个因素。

面对国际化对德国高校的挑战，德国政府倡议开展精英计划。该计划力图通过对特定顶尖高校和机构的资助来改善德国整体科研环境。

2009年，大学的科研预算超过117亿欧元，资金主要来自公共财政，另外工业承担了约14%，还有约4%来自国外。

此外，德国还有近200所应用科学大学，它们教学和实际应用相结合的特点，满足了工业对职业培训机构的巨大需求。