Die Förderlandschaft in Deutschland ist genauso vielfältig wie die Forschungsinstitutionen. Das förderale System in Deutschland ermöglicht es dem Bund und den Ländern, zusammen oder getrennt die Forschung in ihrem Verantwortungsbereich zu fördern. So werden viele der großen Forschungsinstitutionen vom Bund und den Ländern gemeinsam finanziert.

Die Forschungsförderung des Bundes läuft in Deutschland über das Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF) für den Bereich Wissenschaftspolitik und Koordinierung der Wissenschaftsstrategie und über das Bundesministerium für Wirtschaft und Technologie (BMWi), das für Innovationspolitik und industrielle Forschung zuständig ist. Daneben gibt es andere Ministerien, die innerhalb ihres Kompetenzbereichs Forschung durchführen. Auf Landesebene wird diese Struktur wiederholt. Die Landesregierungen verfolgen eigene FuE-Strategien und sind beispielsweise wegweisend für die Universitäten.

Ausführende Organisationen sind das BMBF selbst, das zahlreiche Projekte unterhält, die Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG), die Forschung an Forschungsinstitutionen und vor allem Hochschulen durch Projekte und Programme, z.B. die Exzellenzinitiative, fördert. Sie fördert den Stellenwert der Forschung in Deutschland, den wissenschaftlichen Nachwuchs und internationale Kooperationen.

Auch der DAAD fördert als gemeinsame Einrichtung der deutschen Hochschulen den internationalen akademischen Austausch und die Stärkung der wissenschaftlichen Zusammenarbeit mit dem Ausland. Sein Fokus liegt dabei auf der Nachwuchsförderung durch Stipendien, aber auch auf institutionellen Kooperationen. Finanziert wird er hauptsächlich mit staatlichen Mitteln des BMBF und des Auswärtigen Amtes.

Ebenfalls der Personenförderung hat sich die Alexander von Humboldt-Stiftung verschrieben. Zweck der Stiftung ist es, hoch qualifizierten Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern aus dem Ausland die Möglichkeit zu geben, in Deutschland wissenschaftlich tätig zu sein und Kontakte zu knüpfen.