Die Exzellenzinitiative hat die nachhaltige Förderung des Wissenschafts- und Hochschulstandortes Deutschland zum Ziel, soll die deutschen Hochschulen international wettbewerbsfähiger machen und Leuchttürme des deutschen Universitäts- und Wissenschaftsbereichs hervorheben, wobei eine engere Vernetzung mit außeruniversitären Wissenschaftsbetreibenden und von Forschung und Lehre erwünscht sind.

Die Exzellenzinitiative wurde 2005 vom Bund und den Ländern beschlossen und die Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) wurde zusammen mit dem Wissenschaftsrat als ausführende Institution bestimmt.

Für die erste Phase der Exzellenzinitiative (2006-2011) stehen insgesamt 1,9 Milliarden Euro dafür zur Verfügung, für die 2009 beschlossene zweite Phase (2012-2017) werden weitere 2,7 Milliarden Euro bereitgestellt. Die Hochschulen bewerben sich mit Förderanträgen um die Gelder. Die Bewertung der Anträge wird von international besetzten Gutachtergruppen durchgeführt.

Es werden in drei Förderlinien Graduiertenschulen zur Ausbildung des wissenschaftlichen Nachwuchses, Exzellenzcluster für Spitzenleistungen in exzellenten Forschungsbereichen und Zukunftskonzepte für die universitäre Spitzenforschung gefördert, in denen durch Interdisziplinarität, Internationalität und gezielte Nachwuchsförderung Glanzlichter gesetzt werden. Aus der ersten Phase sind im Oktober 2006 und Oktober 2007 39 Graduiertenschulen, 37 Exzellenzclusler und 9 Zukunftskonzepte ausgewählt worden.

Für die zweite Förderphase wurde am 15. Juni 2012 in Bonn beschlossen, dass 45 Graduiertenschulen, 43 Exzellenzcluster und 11 Zukunftskonzepte finanziert werden. Insgesamt werden 39 Universitäten mil 2,4 Milliarden Euro gefördert.